Penjelasan Tentang Bioinformatika

Bioinformatika (bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, informatika, fisika, biologi, dan ilmu kedokteran untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.

Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk:

• Mengelola informasi biologis, 
• Penyejajaran sekuens (sequence alignment), 
• Prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, 
• Analisis filogenetik, dan 
• Analisis ekspresi gen.

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Bioinformatika dilatarbelakangi oleh kemajuan bioteknologi dan teknologi informasi. Paling utama karena ledakan data (data explosion) observasi biologi sebagai hasil yang dicapai dari kemajuan bioteknologi. Contohnya adalah pertumbuhan pesat database DNA pada GenBank. GenBank adalah database utama dalam biologi molekuler, yang dikelola oleh NCBI (National Center for Biotechnology Information) di AS. Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan software. Baik pihak pabrikan sofware dan hardware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenal dengan bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modern salah satunya ditandai dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA. Kemajuan ilmu Bioinformatika ini lebih didesak lagi oleh genome project yang dilaksanakan di seluruh dunia dan menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi.

Referensi:
http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika
http://en.wikipedia.org/wiki/Bioinformatics
http://bioinformatika-q.blogspot.com

Read More

Parallel Processing pada Komputasi Modern

Parallel Processing adalah kemampuan untuk melakukan beberapa operasi atau tugas secara bersamaan. Parallel Computing adalah penggunaan lebih dari satu CPU atau core prosesor untuk menjalankan sebuah program atau komputasi thread ganda. Idealnya, pemrosesan paralel membuat program bekerja lebih cepat karena terdapat banyak engine (CPU atau Core) mengerjakannya. Dalam prakteknya, hal ini sering sulit untuk membagi sebuah program yang sedemikian rupa dengan memisahkan CPU atau core agar dapat mengeksekusi bagian-bagian yang berbeda tanpa mengganggu satu sama lain.Kebanyakan komputer hanya memiliki satu CPU, namun beberapa model memiliki beberapa, dan chip prosesor multi-core menjadi norma. Bahkan ada komputer dengan ribuan CPU.

M. J. Flynn membedakan komputer paralel ke dalam empat kelas berdasarkan konsep aliran data (data stream) dan aliran instruksi (instruction stream), sebagai: SISD, SIMD, MISD, MIMD. Pengklasifikasian ini dikenal sebagai Taksonomi Flynn.

SISD (Single Instruction stream, Single Data stream)
Komputer tunggal yang mempunyai satu unit kontrol, satu unit prosesor dan satu unit memori.


SIMD (Single Instruction stream, Multiple Data stream)
Komputer yang mempunyai beberapa unit prosesor di bawah satu supervisi satu unit kontrol umum. Setiap prosesor menerima instruksi yang sama dari unit kontrol, tetapi beroprasi pada data yang berbeda.

MISD (Multiple Instruction stream, Single Data stream)
Sampai saat ini struktur ini masih merupakan struktur teoritis dan belum ada komputer dengan model ini.

MIMD (Multiple Instruction stream, Multiple Data stream)
Organisasi komputer yang memiliki kemampuan untuk memproses beberapa program dalam waktu yang sama. Pada umumnya multi-prosesor dan multi-komputer termasuk dalam kategori ini.

Pemrosesan paralel sangat dibutuhkan pada komputasi modern untuk memudahkan dalam mengerjakan banyak tugas atau operasi sekaligus dan dapat meminimalisir waktu yang terbuang karena proses yang lama.

Referensi:
http://en.wikipedia.org/wiki/Parallel_processing
http://computer.howstuffworks.com/parallel-processing1.htm

Read More

Aman Saat Berselancar di Internet Menggunakan Browser Ini

Jika sebelumnya saya pernah membahas tentang Cara Untuk Melindungi Privasi Saat Mencari Data Di Internet, sekarang saya lanjutkan dengan 3 peramban (Browser) yang diklaim mampu untuk melindungi privasi kita saat berselancar, melindungi dari virus maupun bertransaksi di Internet. Walaupun sebenarnya banyak peramban sejenis tetapi pada artikel ini saya hanya memilih 3 saja dan seperti biasa ditujukan untuk pengguna Windows.

WhiteHat Aviator

• WhiteHat Aviator adalah peramban web yang paling aman, peramban web paling pribadi yang tersedia di mana saja. Secara standar, Aviator menyediakan cara mudah untuk bank, toko, dan menggunakan jejaringan sosial sambil menghentikan virus yang menginfeksi komputer, mencegah akun diretas, dan memblokir pengiklan dari yang tak terlihat dalam memata-matai setiap klik. Dibuat oleh WhiteHat Security Labs dari kode sumber Chromium yang kita tau memiliki fitur unik seperti "sandbox".

Tor Browser Bundle

• Tor Browser Bundle adalah peramban web berbasis Mozilla Firefox ESR yang diintegrasikan dengan Tor (Vidalia) yaitu software gratis dan jaringan terbuka yang membantu Anda mempertahankan terhadap analisa trafik, suatu bentuk pengawasan jaringan yang mengancam kebebasan pribadi dan privasi, kegiatan bisnis rahasia dan relasi, dan keamanan negara.

PirateBrowser

• PirateBrowser adalah peramban web dari The Pirate Bay yang berbasis Mozilla Firefox Portable (dengan addon FoxyProxy) yang diintegrasikan dengan Tor (Vidalia) dengan konfigurasi yang sudah disesuaikan agar memungkinkan Anda untuk menghindari sensor.

Read More

Gunakan Bootable Antivirus "LiveCD" Untuk Menangani Malware Yang Nakal!

Mungkin masih banyak yang belum mengetahui atau menggunakan Bootable Antivirus "LiveCD" yaitu Antivirus yang dapat dijalankan langsung atau booting melalui CD tanpa harus menginstalnya. Ini digunakan untuk menghapus malware, memperbaiki, dan bahkan memulihkan sistem yang terinfeksi oleh malware. Biasanya sih ini digunakan untuk malware yang nakal walau sudah dihapus tapi muncul lagi atau sudah memindai menggunakan Antivirus melalui Safe Mode pun malware tersebut masih tetap ada. Bisa saya ambil contoh seperti komentar-komentar para pengguna Windows yang mengalami "Tampilan Windows Menjadi Hitam (Blank) Hanya Ada Cursor Saja? Ini Solusinya". Tampilan Windows masih saja hitam walau sudah mengikuti instruksi yang saya berikan. Ya, itu karena Windows kita terinfeksi oleh malware sedangkan artikel itu saya buat untuk pengguna Windows yang tidak terinfeksi oleh malware.

Sebenarnya jika Safe Mode masih bisa digunakan (bisa masuk desktop Safe Mode walaupun Task Manager dan Registry tidak bisa dibuka), malware bisa dihapus total jika penanganannya benar atau sesuai prosedur. Karena banyak orang yang tidak mau ambil pusing, ya lebih baik gunakan Bootable Antivirus yang ada dibawah ini karena aman dan mudah untuk digunakan. Daftar LiveCD dibawah ini sudah saya pilih dari beberapa Bootable Antivirus yang ada, tapi yang ini bersifat gratis (free) dan masih terus diperbarui database malware-nya agar tetap up-to-date. Silakan dicoba!!! :)

• Kaspersky Rescue Disk dirancang untuk memindai, mendisinfeksi dan mengembalikan sistem operasi yang terinfeksi. Biasanya digunakan ketika sistem operasi tidak memungkinkan untuk melakukan booting. Untuk menggunakan Kaspersky Rescue Disk melalui perangkat USB, gunakan utilitas "Rescue to USB".
• Dr.Web LiveCD akan membersihkan komputer Anda dari file yang terinfeksi dan mencurigakan, membantu Anda menyalin informasi penting ke perangkat penyimpanan data lain atau komputer lain, dan berusaha untuk menyembuhkan file yang terinfeksi. Digunakan jika sistem Windows atau Linux Anda tidak bisa booting karena malware.
• Avira Rescue System dapat membantu Anda untuk memulihkan dan memperbaiki sistem Anda setelah kerusakan serius atau infeksi. Avira Rescue System menawarkan beberapa fitur untuk mengembalikan sistem Anda, misalnya virus dan malware removal dan juga modifikasi registry. Selain itu, dapat digunakan untuk menyalin data Anda ke hard disk atau USB drive.
• AVG Rescue CD digunakan untuk memulihkan sistem yang terinfeksi. AVG Rescue CD dapat memperbaiki kerusakan sistem dan mengembalikan sistem seperti semula.
• F-Secure Rescue CD digunakan jika komputer Anda tidak bisa melakukan booting yang diakibatkan oleh malware yang merusak sistem operasi atau karena software keamanan yang mengganggu, Anda dapat menggunakan F-Secure Rescue CD untuk booting komputer dengan aman dan memeriksa program yang telah diinstal dan juga digunakan untuk memperbaiki dan memulihkan data yang terinfeksi. F-Secure Rescue CD menggunakan Knoppix (merupakan turunan dari Linux), sebuah sistem operasi yang dapat dijalankan langsung menggunakan CD dan memungkinkan untuk mengakses sistem operasi Windows dan hard disk pada komputer Anda.
• Comodo Rescue Disk akan booting komputer Anda, memindai seluruh sistem Anda dari virus sebelum Windows mulai. Termasuk mesin pemindaian penuh AV yang mampu menghapus rootkit yang tertanam begitu dalam dan tidak dapat dihapus dengan CCE untuk Windows.
• G Data Boot-Medium adalah bantuan praktis untuk mendeteksi virus yang sudah tertanam sendiri pada komputer Anda sebelum menginstal perangkat lunak antivirus. Dalam versi ini G Data Boot-Medium juga mampu mengembalikan semua backup yang dibuat dengan solusi G DATA (yang hanya tersedia dalam produk TotalProtection).
• eScan Rescue Disk memberikan Anda cara membersihkan sistem berbasis Windows dari malware yang tidak hanya membantu Anda untuk memindai dan membersihkan sistem, tetapi juga untuk memperbaiki perubahan registry Windows dilakukan oleh virus.
• Windows Defender Offline dapat membantu menghapus program berbahaya yang sulit untuk ditemukan dan program tidak dikenal yang tidak diinginkan dengan menggunakan definisi yang dapat mengenali ancaman.
• Trend Micro Rescue Disk memungkinkan Anda untuk menggunakan CD, DVD, atau USB drive untuk memeriksa komputer Anda tanpa menjalankan Microsoft Windows. Trend Micro Rescue Disk menemukan dan menghapus ancaman keamanan yang persisten atau sulit untuk dibersihkan yang dapat mengintai jauh di dalam sistem operasi Anda.
• BitDefender Rescue CD adalah sebuah alat yang akan mencoba untuk mengembalikan Windows jika Anda tidak dapat booting lagi. Setelah Anda memiliki Rescue CD, boot PC yang terinfeksi menggunakan itu, dan ikuti petunjuknya. BitDefender Rescue CD akan memindai sistem Anda dan menyelesaikan masalah yang ditemukan.
• VBA32 Rescue akan berupaya untuk memulihkan file yang terinfeksi oleh malware, jika tidak dapat dipulihkan otomatis file yang dianggap berbahaya akan dihapus. Untuk menggunakan VBA32 Rescue melalui perangkat USB, gunakan utilitas "VBA32 Rescue to USB".

Read More